En 1946 se traslada a Estocolmo para trabajar en el
Hospital Serafimer con el neurocirujano Herbert Olivecrona. Afectado por las
muertes causadas por los tumores malignos, y estimulado por el Prof.
Olivecrona, Fernández-Morán se orienta hacia la investigación básica para
aprender más sobre la organización de las células tumorales. En el mismo año
visita al Prof. Manne Siegbahn
(Premio Nobel de Física, 1924) quién lo invita a trabajar en los laboratorios
de microscopía electrónica del Instituto Nobel de Física que
él dirigía. Allí y en el Instituto Karolinska Fernández-Morán
se forma como microscopista electrónico. En esa etapa de su vida concibe la
crio-ultramicrotomía y la cuchilla de diamante para ultramicrotomía. Esta
última le lleva a obtener la primera de más de una docena de patentes, y 14
años después, en 1967, a recibir el Premio "John
Scott", otorgado también entre otros, a Jonas
Salk por la vacuna antipoliomielítica, a Marie Curie por el descubrimiento del Radio y la
determinación de sus propiedades radiactivas, a Thomas Edison por la lámpara incandescente y a
Alexander Fleming por el
descubrimiento de la penicilina.